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Émergence d’infections sanguines dues à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline et liées au bétail au Danemark

ContexteLe LA-MRSA CC provoque un nombre croissant d’infections de la peau et des tissus mous au Danemark et dans d’autres pays européens producteurs de porcs industriels. Son impact sur les bactériémies à SARM n’a pas été bien étudiéMéthodesNous étude de l’épidémiologie clinique de tous les cas humains de LA-MRSA CC BSI pendant – Les cas de LA-MRSA CC BSI ont été comparés aux cas de BSI causés par d’autres types de SARM et de cas de SSTI causés par LA-MRSA CC Analyse du séquençage du génome entier a été utilisé pour évaluer la relation phylogénétique entre les isolats de LA-MRSA CC des porcs danois et les cas de BSI et de SSTIResultsLe nombre de BSI et de SSTI de LA-MRSA CC a augmenté au fil des ans, atteignant un pic, lorsque LA-MRSA CC représentait% / et% / de tous les bactériémies à SARM et SSTI, correspondant et cas de BSI et de SSTI par année-personne, respectivement La plupart des patients atteints de la bactériémie à Clostridium maligne (LA-MRSA) n’ont eu aucun contact avec le bétail, bien qu’ils La MRSA a provoqué des bactériémies par SSTI chez les personnes sans contact avec le bétail, ce qui est similaire au ratio observé pour les autres types de SARM. L’analyse des séquences du génome entier a montré que la plupart des isolats BSI et SSTI étaient étroitement apparentés. des isolats de porcs danoisConclusionsCette étude démontre que le nombre croissant de bactériémies CC-LA-MRSA s’est produit parallèlement à une vague beaucoup plus grande de CC-MTI de type LA-MRSA et à un réservoir de porcs en expansion

SARM, humains, bétail, zoonoses, bactériémiesDepuis le début des années, la transmission zoonotique du complexe clonal de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline LA-MRSA CC a entraîné un nombre croissant d’infections humaines au Danemark et dans d’autres pays européens producteurs de porcs industriels [ ,] LA-MRSA CC est principalement associée aux infections cutanées et des infections des tissus mous chez les éleveurs jeunes et en bonne santé, mais aussi dans la population générale, qui comprend les personnes âgées et immunodéprimées avec un risque élevé de développer des maladies staphylococciques invasives. impact sur les bactériémies à SARM Les bactériémies sont mal comprises Au Danemark, le premier cas de LA-MRSA CC BSI a été identifié en novembre chez un garçon de 11 ans atteint de leucémie. Le père du patient possédait une ferme porcine et a été trouvé colonisé par LA- SARM CC Par la suite, LA-MRSA CC a été décrite comme une cause sporadique de bactériémies et de décès chez des patients sans lien avec les porcs rs Les objectifs de cette étude étaient les suivants: étudier l’épidémiologie clinique des cas de LA-MRSA CC BSI; comparer les cas de BSI LA-MRSA CC aux cas de BSI causés par d’autres types de SARM et les cas de SSTI causés par LA-MRSA CC; et déduire la relation phylogénétique entre les isolats de LA-MRSA CC des porcs danois et les cas de BSI et de SSTI

Méthodes

La population étudiée comprenait tous les patients danois enregistrés comme ayant eu un épisode de SARM BSI ou SSTI entre janvier et décembre. Des données détaillées sur les caractéristiques des isolats SARM de chaque épisode de BSI et des informations sur les patients au moment du diagnostic ont été extraites de La base de données SARM contient des résultats de typage des souches et des informations sur tous les individus colonisés ou infectés par le SARM, mais seulement au moment où la base de données MRSA a été revue pour identifier et résumer les informations sur les patients atteints de SARM. Les laboratoires régionaux de microbiologie clinique ont procédé à l’identification de S aureus et ont établi la résistance à la méthicilline en utilisant des méthodes de laboratoire standard et ont transmis les isolats au Laboratoire national de référence. pour Staphylococci à Statens Serum In stitut LA-MRSA CC a été identifié en utilisant une procédure -step Premièrement, l’identification MRSA a été confirmée par PCR en chaîne de réaction de PCR mecA et spa Deuxièmement, MRSA CC a été différenciée des autres types de SARM en utilisant le typage spa et la détection PCR du S Troisièmement, le CC-MRSA a été distingué de la variante humaine du SARM CC en utilisant un test de PCR en temps réel à double sonde Les données suivantes ont été recueillies pour le dossier médical de chaque patient: sexe, âge, contact avec le bétail uniquement disponible pour les patients atteints de LA-MRSA CC BSI ou SSTI, adresse domiciliaire, dates d’hospitalisation et score de comorbidité Charlson uniquement disponible pour les patients atteints de SARM BSI Un épisode de SARM BSI a été défini comme début de la communauté si le patient hémoculture positive dans les premières heures après l’admission ou à l’hôpital si la première hémoculture positive a été obtenue ≥ heures après l’admission La collecte des données a été approuvée par le numéro de protocole de l’Agence danoise de protection des données Les taux d’incidence pour les bactériémies et les ITS ont été calculés en utilisant tous les cas identifiés dans les estimations du recensement danois pour Pearson coefficient de corrélation r a été utilisé pour évaluer les tendances temporelles, et les variables des patients ont été comparés entre les groupes en utilisant le test t de Student Le niveau de signification a été fixé à α = Des outils phylogénétiques du génome entier ont été utilisés pour étudier la relation entre les isolats de S aureus CC suivants: tous Les isolats de BSI collectés entre et; un sous-ensemble d’isolats de SSTI, y compris tous les isolats de et tous les troisièmes isolats selon la date d’isolement; un sous-ensemble d’isolats de LA-MRSA CC prélevés dans des fermes de production de porcs danoises isolées par ferme dans et par l’Administration vétérinaire et alimentaire danoise ; et les isolats internationaux S aureus CC provenant d’humains et de diverses espèces animales Six isolats de LA-MRSA CC de la collection internationale —- SPA, -, B, -S-, -, et _— provenaient de danois porcins et ont été classés comme tels dans l’analyse Les détails méthodologiques sont fournis dans les documents supplémentaires

RÉSULTATS ET DISCUSSION

LA-MRSA CC représentait les cas de BSI, les cas de SSTI, et les cas d’autres infections entre et, tandis que les autres types de SARM ont causé un total de BSI, SSTI et autres infections au cours de la période d’étude. Les résultats de A-Q et de laboratoire sont décrits dans le tableau Le nombre de bactériémies et d’inhibiteurs sélectifs du LA-MRSA CC a augmenté au fil des ans, avec une concentration maximale de% / et% / de tous les BSI et SSTI de SARM, correspondant à et cas de BSI et de SSTI par personne-années, respectivement Figure La corrélation entre les nombres annuels de BSI de LA-MRSA CC et de SSTI était statistiquement significative r =, P =

Tableau Patients danois atteints de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline lié au bétail CC Infection sanguine et résultats de laboratoire Cas / Isoler Sexe Âge, y Isolement Date Charlson Comorbidité Score Résidence Maladie Début Outcomea Exposition au bétail Autres résultats épidémiologiques Type de spa Distance la plus courte d’un cochon danois LA-MRSA CC Isolate, SNPs A M Sept Communauté rurale Oui t B F Apr Communauté urbaine Non Transmission possible d’origine alimentaire t C F Oct Communauté rurale Décès Non t D M Juin Communauté rurale Oui t E M Nov Communauté rurale Décès Aucun foyer d’hospitalisation A t F F Nov Communauté rurale Décès Non t G F Dec Communauté rurale Oui t H F Apr Communauté rurale Oui t I M Apr Communauté rurale Décès Aucun foyer de soins infirmiers t J M Communauté rurale no t M M Juillet Hôpital rural Décès Non t L M Sept Communauté rurale Oui t M M Dec Communauté rurale Oui t N M Dec Communauté rurale Oui t O F Mar Communauté rurale Non t P F Sept Hôpital rural Non Épidémie d’hôpital B t Q M Oct Hôpital rural Décédé Aucun foyer d’hospitalisation B t Cas / Isoler Sexe Âge, y Isolement Date Charlson Score de comorbidité Résidence Maladie Début Outcome Exposition de bétail Autres constatations épidémiologiques Type de station thermale Distance la plus courte à un cochon danois LA-MRSA CC Isolate, SNPs A M Sept Communauté rurale Oui t B F Avril Communauté urbaine Non Possiblement d’origine alimentaire transmission t C F Oct Communauté rurale Décès Non t D M Juin Communauté rurale Oui t E M Nov Communauté rurale Décès Non Épidémie d’hôpital A t F F Nov Communauté rurale Décès Non t F F Dec Communauté rurale Oui t H F Apr Comm rural unité Oui t I M Apr Communauté rurale Décès Non Épidémie de foyer de soins t J M Communauté rurale no t M M Juillet Hôpital rural Décédé Non t M M Sept Communauté rurale Oui t M M Dec Communauté rurale Oui t N M Dec Communauté rurale Oui t O F Mar Communauté rurale Non t P F Sept Hôpital rural Non Épidémie d’hôpital B t Q M Oct Hôpital rural Décédé Aucun foyer d’hospitalisation B t Abréviations: CC, complexe clonal; LA-MRSA, Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline, associé au bétail; SNP, polymorphisme mononucléotidiqueDans les jours suivant le diagnostic d’une infection de la circulation sanguine par LA-MRSA CCVoir Grand

Figure View largeTélécharger la barreTendances temporelles de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline résistant au bétail Infections de la circulation sanguine Staphylococcus aureus BSIs et infections cutanées et des tissus mousIntensifs cutanés et des tissus mous au DanemarkFiguration View largeTélécharger DiapositiveTemporal trends of Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline Les ITSS au Danemark Trente-deux pour cent des SSTI CC-LA-MRSA sont survenus chez des personnes sans contact avec le bétail, confirmant les résultats antérieurs que le CCM-LA SARM se répand dans la communauté Ceci est inquiétant car la population générale comprend une proportion plus élevée de personnes âgées. et les personnes immunodéprimées à risque élevé de développer des maladies staphylococciques invasives, comparativement aux personnes avec contact avec le bétail qui sont principalement des adultes en bonne santé en âge de travailler. En fait,% / des patients atteints de LA-MRSA CC BSI n’ont eu aucun contact avec le bétail. vivre dans les zones rurales où le bétail est élevé Tableau I De plus, le LA-MRSA CC a provoqué des bactériémies par ITSS / parmi les personnes sans contact avec le bétail, comparé aux seuls ISB par ITSS / parmi les éleveurs et les membres de leur famille. Le décès attribuable à LA-MRSA CC BSI était également plus fréquent dans la population générale. Tableau LA-MRSA CC manque de nombreux déterminants liés à l’adhésion et à la virulence trouvés dans d’autres types de SARM, ce qui a soulevé des questions au sujet de sa pathogénicité chez l’homme Cependant, nous n’avons trouvé aucune différence entre les cas de LA-MRSA CC BSI et les cas avec d’autres types de MRSA BSI en ce qui concerne la moyenne d’âge, années vs années; P =, score de comorbidité de Charlson moyen, vs; P =, le nombre total de BSI par SSTI vs; P =, ou le taux de létalité journalier% [/] vs% [/]; P = Bien que les petits nombres rendent difficile de tirer des conclusions définitives, ces résultats indiquent que LA-MRSA CC peut être aussi capable que d’autres types de SARM de causer des maladies graves et même la mort chez les personnes âgées et immunodéprimées. SARM au Danemark Au cours de la période d’étude, la prévalence des élevages porcins danois testés positifs à la LA-MRSA CC est passée de% à & gt;% dans Ainsi, les porcs constituent une source probable de LA-MRSA CC BSI et SSTI au Danemark Cependant, LA-MRSA CC peut également se propager entre les pays, par exemple via des produits carnés contaminés et des individus colonisés Nous avons utilisé des outils phylogénétiques du génome entier pour déterminer si les isolats LA-MRSA CC étaient plus étroitement apparentés, à des isolats de LA-MRSA CC de porcs danois, ou à des isolats S aureus CC de la collection internationale L’arbre phylogénétique à vraisemblance maximale a montré que les isolats LA-MRSA CC de porcs danois et les cas de S STI et BSI souvent regroupés en plusieurs clusters distincts Figure et Figure supplémentaire La distance SNP de polymorphisme mononucléotidique moyenne entre les isolats BSI et leurs homologues LATI et CSL danois LA-MRSA les plus proches était la gamme, – SNP et gamme, – SNP, respectivement , alors que la distance SNP moyenne la plus courte à un isolat S aureus CC de la collection internationale était la gamme de SNPs, – SNPs P & lt; De même, les isolats de SSTI avaient des distances de SNP moyennes significativement plus courtes pour les isolats de porcs danois que pour les isolats de S aureus CC provenant des SNP de collecte internationaux [intervalle, -] vs SNP [intervalle, -]; P & lt; Au total, les isolats BSI et les isolats SSTI étaient plus étroitement apparentés aux isolats LA-MRSA CC des porcs danois qu’aux isolats provenant de la collection internationale Figure et Figure supplémentaire Ainsi, les porcs danois et les cas de BSI et de SSTI semblent partager un pool commun d’isolats de LA-MRSA CC, qui soutient que le nombre croissant de SSTI et BSIs est le résultat de la transmission zoonotique du réservoir porcin en expansion L’isolat BSI restante provient d’une femme urbaine âgée d’un an sans antécédents de bétail cas d’exposition B Il s’agissait d’un type de spa t et était le plus proche d’un isolat de SARM de type t de type station thermale. Figure et Figure supplémentaire Cet isolat du cas B a été analysé dans une étude récente qui a montré qu’il appartenait à un génotype adapté à la volaille. qui se compose d’un squelette chromosomique CC et d’une plus petite région CC Le génotype CC / CC n’a jamais été trouvé dans le bétail danois, alors qu’il se produit avec une certaine fréquence dans la volaille et la viande de volaille produ Ces résultats confirment que l’isolat provenant du cas B provient d’un réservoir de volailles à l’extérieur du Danemark, et non de porcs danois.

Figure Vue largeDownload slidePartie de la phylogénie à maximum de vraisemblance contenant l’infection sanguine BSI et les isolats SSTI d’infection de la peau et des tissus mous voir figure supplémentaire pour une version complète de la phylogénie, y compris les valeurs bootstrap Boîtes rouges, isolats BSI; boîtes jaunes, isolats SSTI; les boîtes vertes, les isolats de Staphylococcus aureus CC résistants à la méthicilline, associés à l’élevage de porcs danois, y compris les isolats de la collection internationale; Boîtes noires, autres isolats de Staphylococcus aureus CC associés au bétail de la collection internationale Barre d’échelle représente le nombre de substitutions de nucléotides par siteFigure Voir grandDownload slidePartie de la phylogénie à maximum de vraisemblance contenant l’infection sanguine BSI et les infections de la peau et des tissus mous Isolements SSTI pour une version complète de la phylogénie, y compris les valeurs bootstrap Boîtes rouges, isolats BSI; boîtes jaunes, isolats SSTI; les boîtes vertes, les isolats de Staphylococcus aureus CC résistants à la méthicilline, associés à l’élevage de porcs danois, y compris les isolats de la collection internationale; Les boîtes noires, autres isolats de Staphylococcus aureus CC associés à l’élevage de la collection internationale Barre d’échelle représente le nombre de substitutions de nucléotides par siteTrois cas de patients K, P et Q ont débuté à l’hôpital LA-MRSA CC BSI, dont un an Une comparaison de SNP a montré que les isolats étaient identiques entre eux Figure et Figure supplémentaire, qui soutient la transmission entre ces patients ou l’acquisition d’une commune source hospitalière De plus, on a déjà signalé que des patients atteints de labyrinthie bovine LA-MRSA de la communauté, un homme âgé recevant un cas de dialyse ambulatoire E et un patient I résidant dans un foyer de soins infirmiers I, faisaient partie de foyers distincts de soins de santé. Tous les isolats provenant des cas E, P et Q étaient étroitement apparentés à la gamme des isolats de porcs danois, – SNPs Ces observations corroborent celles des études antérieures des Pays-Bas. LA-MRSA CC est capable de migrer dans les établissements de santé où elle peut provoquer des épidémies chez les patients à haut risque Les résultats de notre étude concernent le CC, qui est le type dominant de souche LA-MRSA chez les porcs au Danemark et ailleurs. Pays européens D’autres types de souches LA-MRSA sont dominants chez les porcs ailleurs, tels que CC en Asie et certaines régions des États-Unis , et leur impact sur la santé humaine est actuellement moins bien décrit. En résumé, cette étude montre que des bactériémies CC-LA MRSA observées au Danemark entre et se sont produites en parallèle avec une plus grande vague de CC-LA-CCRS et un réservoir de porcs en expansion avec une propagation accrue dans la communauté et les établissements de soins de santé. Cependant, le Danemark est toujours considéré comme niveaux de SARM par rapport à d’autres pays européens Ceci est illustré par le fait que SARM ne représentait que des épisodes de S aureus BSI au Danemark en, lorsque le nombre de BSI LA-MRSA CC atteint son maximum à Néanmoins, e On s’attend à ce que le nombre d’infections et de décès graves augmente dans un proche avenir si le LA-SARM est répandu dans la population générale. Il est donc important d’identifier et de mettre en œuvre des mesures de contrôle efficaces pour prévenir la transmission du LA-MRSA. fermes et des porcs aux humains

Données supplémentaires

Les documents supplémentaires sont disponibles sur Clinical Infectious Diseases en ligne. Les données fournies par les auteurs étant destinées au lecteur, les documents publiés ne sont pas copiés et relèvent de la seule responsabilité des auteurs. Les questions ou les commentaires doivent donc être adressés à l’auteur correspondant.

Remarques

Membres du groupe d’étude SARM danois Helle Krogh Johansen Rigshospitalet, Copenhague, Hôpital Henrik Westh Hvidovre, Hôpital Michael Pedersen Herlev, Hôpital Ulrich Stab Jensen Slagelse, Hôpital universitaire Marie Louise Slott Jensen Odense, Hôpital Ming Chen du Sud du Jutland, Sønderborg, Hôpital Steffen Strøbæk Jutland du Sud-Ouest, Esbjerg, Hôpital Claus Østergaard Lillebælt, Vejle, Steen Lomborg et Hôpital universitaire Svend Ellermann-Eriksen Aarhus, et hôpital universitaire Pernille Ripadal d’Aalborg Contributions JL, AP, ARL, MS, AK et RLS étaient membres de l’équipe de surveillance du SARM JL, MS, LBP, et RLS ont conçu l’étude et préparé le manuscrit initial AP, ARL, RNS, AK, et FMA ont contribué aux révisions éditoriales ultérieures JL, AP, et AK ont effectué des enquêtes épidémiologiques JL, RNS et MS menées ensemble- séquençage du génome et analyse phylogénétique des isolats FMA a effectué la caractérisation génotypique initiale de Le groupe d’étude danois MRSA a recueilli et partagé des isolats et des données sur les patients et a commenté le manuscrit. Tous les auteurs ont relu l’article. Soutien financier Ce travail a été soutenu par l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses du National Institutes of Health numéro RAI-A à JL, ARL, MS, LBP, et RLS et le ministère de l’Environnement et de l’Alimentation du Danemark à travers l’Agence Agro-alimentaire danoise -NIFA– aux conflits d’intérêts JL, ARL, RNS, AK et RL SPotential Tous les auteurs : Aucun conflit d’intérêts signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués