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Répondre à Lesho

Au rédacteur en chef-Nous saluons la lettre de Lesho et les points soulevés, et nous sommes généralement d’accord que le séquençage NGS de nouvelle génération est actuellement plus susceptible d’augmenter et non de remplacer les méthodes existantes de profilage des micro-organismes multirésistants en microbiologie clinique Malgré les obstacles techniques au déploiement généralisé, nous prévoyons que ceux-ci pourront être résolus en quelques années, selon les tendances actuelles. Premièrement, le contrôle qualité des méthodes qui prédisent la résistance aux médicaments à partir des données NGS sera finalement évalué par des comparaisons de sensibilité et de spécificité. méthodes standard d’or; ceci a amené le profilage NGS du virus de l’immunodéficience humaine MDR proche de la pratique courante et montre un succès croissant pour MDR Staphylococcus aureus et Mycobacterium tuberculosis, avec la méthode la plus récente pour S aureus atteignant & gt;% sensibilité et spécificité Ces méthodes peuvent fixer des seuils pour la qualité d’appel de base, la profondeur de lecture et les métriques de qualité d’alignement sur la plate-forme de séquençage choisie Le séquençage à lecture longue qui évite les limitations des lectures courtes n’est devenu plus disponible qu’avec les nouvelles technologies moins chères telles qu’Oxford Nanopore et le PacBio Sequel Pendant ce temps, la concurrence entre les fournisseurs de cloud computing continue de réduire le coût de la bande passante et la capacité de stockage pour les données de séquençage, et il est logique que les microbiologistes profitent largement d’un écosystème technologique souvent conçu pour permettre le séquençage des bactéries. les analyses de séquençage sont des centaines à des milliers de fois plus petites que leur eq humain Enfin, nous espérons que des efforts tels que Mil-OSS http: // mil-ossorg / et Forgemil http: // forgemil indiquent une adoption croissante des logiciels open-source et la culture par l’armée, qui sera éventuellement nécessaire pour tirer pleinement parti des développements continus dans les logiciels scientifiques

Remarque

Conflit d’intérêts potentiel Les deux auteurs: Aucun conflit rapporté Les deux auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués