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Diagnostic des maladies fébriles autres que la maladie à virus Ebola dans une unité de traitement du virus Ebola en Sierra Leone

Les patients atteints de maladies fébriles se présentant à une unité de traitement Ebola en Sierra Leone avaient un large éventail de diagnostics autres que le virus Ebola cialisgenerique.org. Des tests diagnostiques rapides ont été utiles pour confirmer ces diagnostics, réduisant ainsi la durée du séjour des patients. Planification

Maladie fébrile, maladie à virus Ebola, diagnostic rapide, FilmArray, Sierra LeoneL’épidémie actuelle de maladie à virus Ebola en Afrique de l’Ouest est la plus importante et la plus complexe de l’histoire En mai, des cas avaient été signalés en Guinée, au Liberia et en Sierra Leone, entraînant la mort Un élément clé de la réponse du Royaume-Uni à la crise en Sierra Leone a été la construction de plusieurs centres de traitement fournissant des lits pour le traitement des patients atteints de MVE. EVDTU unité de traitement EVD à Kerry Town pour fournir des soins médicaux aux travailleurs de la santé avec des agents de santé EVD L’unité est composée de cliniciens militaires, infirmières et assistants de soins de santé et soutenu par un laboratoire bien équipé, sur place Diagnostic par RTX-PCR en temps réel Transcriptase inverse en chaîne par polymérase La capacité du laboratoire militaire comprend hématologie, coagulation et chimiste clinique tests diagnostiques rapides pour le paludisme, la dengue et le virus de l’immunodéficience humaine VIH, ainsi qu’un BioFire FilmArray avec identification de la culture sanguine, RP respiratoire et gastro-intestinal GI panneaux Ce dernier peut fournir des résultats d’échantillons cliniques, y compris l’ensemble prélèvements de NP nasopharyngés, de prélèvements rectaux et de selles dans les minutes suivant la collecte multiplexe PCRIn dernières semaines de l’épidémie le nombre de nouveaux cas de MVE a diminué Cependant, les TS nationaux et internationaux peuvent présenter des symptômes non spécifiques compatibles avec divers diagnostics. , y compris EVD La période d’incubation de EBOV est de – jours, et les lignes directrices actuelles recommandent qu’une RT-PCR EBOV est répétée chez les patients des heures après l’apparition des symptômes si un premier test est négatif Cependant, il peut y avoir l’histoire de l’individu indique un faible risque de MVE La capacité à atteindre un diagnostic alternatif, non-MVE L’apparition des symptômes, appuyée par le sens clinique et les résultats de laboratoire pertinents, a des implications importantes en termes de risques et de traitements pour le patient, la capacité de l’unité de traitement et l’organisation de travail de l’individu. -spécifique pour aider dans de telles situations

PATIENTS, MATERIAUX ET METHODES

Nous avons effectué une revue rétrospective anonymisée des données cliniques et de laboratoire collectées au cours des soins de routine. Les patients admis dans le DMS EVDTU comprenaient des TS nationaux et internationaux soignant des patients atteints de MVE. D’autres ressortissants locaux ont également été référés et admis au cas par cas. Certains patients ont été admis directement de la communauté et d’autres ont été transférés des centres de traitement voisins. La définition de cas d’admission était une fièvre aiguë ou des antécédents de fièvre avec ou plus de: maux de tête, douleur généralisée, fatigue, nausées ou vomissements. anorexie, diarrhée, douleur abdominale, dysphagie, difficulté à respirer, hoquet, fausse couche ou toute personne présentant des saignements inexpliquésAprès l’admission, des échantillons de sang ont été prélevés et testés soit dans le laboratoire sur place, soit au point de service i-STAT Abbott. le premier n’était pas disponible TDR pour exclure le paludisme ont également été effectuées pour toutes les admissions BinaxNOW Dengue SD Bioline Dengue Duo Des tests de confirmation ont été effectués chez des patients ayant obtenu des résultats positifs dans un autre établissement. Parmi les patients chez qui l’évaluation des risques, l’anamnèse et / ou l’examen n’ont pas été réalisés. Les panels de FilmArray sont constitués de poches fermées pour l’extraction des acides nucléiques, la transcription inverse, l’amplification et l’analyse entièrement automatisées. BioFire Diagnostics, Salt Lake City, Utah Le panel RP FilmArray v peut détecter plusieurs virus et bactéries Les pathogènes détectables par le panel GI FilmArray v comprennent des bactéries avec plusieurs Escherichia coli, parasites et virus diarrhéiques Des prélèvements de NP et des prélèvements rectaux / fécaux ont été effectués aux instructions du fabricant Les essais ne sont considérés comme valables que s’ils sont effectués normalement e contrôles internes réussis Si l’un des contrôles a échoué, un résultat “Invalide” a été signalé pour tous les analytes du panel. Sinon, l’analyse automatisée des résultats pour chaque cible dans un test valide a été signalée comme “Détectée” ou “Non détectée”. entre les groupes de diagnostic large paludisme; NP et GI FilmArray; les maladies fébriles indifférenciées [UFI] et les «autres diagnostics» ont été calculés à l’aide des comparaisons multiples de Bonferroni, signification du test & lt ;, SPSS Statistics v

RÉSULTATS ET DISCUSSION

Entre novembre et février, des personnes ont été admises au DMS EVDTU. Parmi elles, on a diagnostiqué un% EVD, et des TS internationaux déclarant une exposition à EBOV qui ont été rapatriés dans leur pays hôte. Parmi les diagnostics non-MVE,% étaient des hommes et la moyenne Trente-deux% étaient des ressortissants non sierra-léonais, dont la plupart provenaient d’Europe ou d’Amérique du Nord. La plupart étaient des travailleurs de la santé% et majoritairement des médecins ou des infirmiers.% Dans le groupe non-MVE il y avait des catégories de diagnostics. Les cas diagnostiqués chez un quart des patients et une seule infection par Plasmodium falciparum étaient prédominants% des cas Une proportion similaire de diagnostics non-MVE était due à des infections gastro-intestinales identifiées par GI FilmArray, parmi lesquelles ≥ un pathogène entérique chez des individus, typiquement E coli diarrhéique ou Shigella espèces “Autres” diagnostics étaient les plus fréquents et ont été faites sur la base de l’histoire, l’examen clinique, et soutenu par les résultats de la pathologie et de la chimie clinique, mais en l’absence d’autres études qui n’étaient pas disponibles, par exemple, des UFI de radiologie ont été diagnostiquées chez% des patients chez lesquels la fièvre était une caractéristique de la présentation sans foyer d’infection; Tous les tests diagnostiques disponibles étaient négatifs et les symptômes résolus à la sortie Enfin, un URTI, soutenu par un NP FilmArray positif de virus, a été diagnostiqué en% de patients Tableau VIH identifié chez les patients et co-infecté dans chaque cas de paludisme à falciparum et un autre avec une infection des voies respiratoires inférieures Trois personnes venaient de Sierra Leone et une du Kenya

– Coronavirus E Coronavirus OC Infections entériques un GI FilmArray Diarrheagenic E coli / Shigella – Shigella / EIEC ETEC EPEC EAEC STEC Vibrio spp Astrovirus Autres diagnostics cliniques LRTI – Pharyngite Infection urinaire Cellulite Dermatite Gastroentérite Pancréatite Maladie hépatique chronique UFI – Abréviations: CEEA, E coli entéroaggregative ; EIEC, E coli entéro-invasive; EPEC, E coli entéropathogène; ETEC, E coli entérotoxigène; GI, gastro-intestinal; TS, travailleur de la santé; IQR, intervalle interquartile; LRTI, infection des voies respiratoires inférieures; NP, nasopharyngée; spp, espèce; STEC, E coli producteur de toxines de type Shiga; UFI, maladie fébrile indifférenciée; URTI, infection des voies respiratoires supérieures Les diagnostics de sous-groupe des infections entériques sont supérieurs au total en raison de l’identification de l’infection mixte chez les individusVue Durée du séjour du patient Large pour chaque groupe diagnostique varié Tableau La valeur médiane de la LOI pour UFI et «autres diagnostics» était jours intervalle interquartile [IQR] = -, n =, alors que c’était le jour pour le paludisme IQR = -, n = et le jour pour les diagnostics utilisant le NP et GI FilmArray IQR = -, n =; P & lt; Les divers diagnostics effectués reflètent l’hétérogénéité de nos patients, y compris un nombre significatif d’agents de santé internationaux. Il n’est peut-être pas surprenant que les patients avec un UFI ou «autre diagnostic» aient une plus grande valeur de référence que ceux avec un diagnostic alternatif. -PCR heures après l’apparition des symptômes était nécessaire avant la décharge La plupart des EVDTUs en Sierra Leone donnent un traitement antipaludéen empirique à tous les patients En raison de notre population de patients, nous effectuons des TDR sur toutes les nouvelles admissions et traitent en conséquence de tels TDR sont sensibles, faciles et sûrs à utiliser Le paludisme a été diagnostiqué en% des cas non-MVE, et nous considérons notre approche comme une stratégie appropriée, fournissant un diagnostic alternatif raisonnable à la MVE et évitant un traitement inutile. la plage supérieure était plus longue que celle des patients avec un diagnostic de FilmArray. Cela était dû à l’exécution d’une RT-PCR EBOV quelques heures après La disponibilité commerciale de techniques moléculaires multiplex pour identifier les agents pathogènes respiratoires et entériques est un progrès significatif dans les diagnostics de laboratoire. Le BioFire FilmArray est peut-être le plus facile à utiliser avec les patients atteints de paludisme. traitement pratique minimal, production rapide de résultats et inclusion d’un large éventail de cibles pathogènes Des sensibilités et des spécificités élevées ont été signalées; cependant, le test de FilmArray a un faible débit, car un seul test peut être effectué par instrument par heure Les fournisseurs de services doivent déterminer quel système convient à leur population de patients et à leur laboratoire. Cette étude comporte plusieurs limites. et la période d’examen limitée à une seule saison, ce qui peut influencer le nombre, le type et l’activité de certains agents pathogènes. Deuxièmement, elle était limitée à une population de patients particulière, bien que cela reflétait les travailleurs multinationaux et autres patients référés à l’établissement. Troisièmement, un facteur confusionnel peut avoir été la relation entre le moment de l’apparition des symptômes et la présentation du patient, influençant les décisions de rejet. Enfin, une note de prudence doit être appliquée aux résultats des tests moléculaires car ils ne distinguent pas les organismes vivants ou morts ou démontrent des sensibilités antimicrobiennes. L’identification de la présence d’un pathogène ne confirme pas l’infection, et ind asymptomatique Cependant, nous avons utilisé le FilmArray d’une manière ciblée chez les patients présentant des symptômes compatibles avec une infection active, ce qui peut expliquer le nombre élevé de résultats négatifs et positifs observés. Les résultats doivent être interprétés dans un tableau clinique approprié. contexte avec des conseils cliniques en microbiologie, en particulier lorsqu’un système multiplex identifie plusieurs pathogènes d’importance variableCe rapport est unique car il décrit le spectre des diagnostics non-EVD observés à un EVDTU et l’utilisation de TDR, en particulier de nouvelles techniques moléculaires, pour soutenir ces diagnostics Utilisé dans des scénarios cliniques ciblés et avec une interprétation appropriée des résultats, le BioFire FilmArray est un système idéal et s’est avéré être un outil de diagnostic précieux dans un contexte de ressources limitées. Comprendre les causes des maladies non-EVD est important soutien aux EVDTU et aux mesures de protection de la santé du personnel, p. Accouplement et chimioprophylaxie du paludisme D’autres études sont justifiées pour déterminer l’applicabilité de ces résultats à une éclosion de MVE dans différents contextes, ce qui peut également être pertinent pour d’autres milieux cliniques et les agents pathogènes infectieux

Remarque

Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit d’intérêt potentielTous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués